Le document d'objectifs du site détermine un certain nombre d'actions à mettre en place pour préserver ou restaurer le bon état de conservation des habitats et espèces.
Il s'agit par exemple de mettre en défend des espèces, débroussailler des milieux ouverts en manuel plutôt qu’en mécanique, d’entretenir la ripisylve, de créer des mares en faveur des espèces comme les chauves-souris...
Ces actions peuvent engendrer un coût parfois important pour un propriétaire privé (agriculteur ou non), une association ou une collectivité. C'est pourquoi des contrats Natura 2000 (pour les surfaces agricoles ou non) une aide financière publique pour la réalisation de ces opérations.
De plus, le docob reconnait une série de "bonnes pratiques" à faire connaître et encourager. Les chartes Natura 2000 proposent des recommandations et engagements qui n'impliquent pas d'investissement financier mais identifient des pratiques favorables aux habitats et aux espèces.
Enfin, depuis 2010, tout porteur de projet sur un site sensible est dans l’obligation de procéder à une évaluation des incidences de son projet sur l’environnement.
