La charte Natura 2000 est un document qui peut être signée par toute personne physique ou morale, publique ou privée, titulaire de droits réels ou personnel qui souhaite s'impliquer dans Natura 2000 en préservant les espèces et les habitats.
Elle n'est pas rémunérée car les engagements ne nécessitent pas de la part du signataire un investissement susceptible d’entrainer des coûts importants.
La charte Natura 2000 est un volume indépendant du Docob qui a été réalisée en concertation pendant les groupes de travail. Elle est constituée d'engagements et de recommandations, d'actions qu'il ne faut pas mener ou qu'il faut tenter de limiter pour préserver le site.